Территория заказника «Клетнянский» уникальна по своим природным особенностям и по наличию редких видов животных и растений. Учёные выделяют здесь ряд особо ценных природных сообществ и экосистем. В первую очередь, это пойменные дубравы и редколесья реки Ипуть, прибрежные леса вдоль реки Надва, которые имеют водоохранное и рекреационное значения и являются местом обитания редких и ценных видов растений и животных. В долине реки Опороть сохранилась уникальная природная экосистема пойменных лесов и болот, которая также является местом обитания редких и ценных видов растений и животных. Кроме того, это водно-болотные угодья в слиянии рек Ипуть и Воронуса – место обитания редких и ценных видов водных и околоводных животных. Есть в заказнике старые дубовые, еловые и смешанные леса в долинах малых рек и на водоразделах – место обитания редких и ценных видов растений и животных. Главным местом произрастания клюквы и обитания глухарей являются в заказнике сосняки сфагновые и сфагновые болота. А сосняки зеленомошные – место произрастания черники и обитания глухарей.
Территория заказника подвергалась геологическим изменениям вследствие процессов горообразования: расколам, раздроблению и опусканию отдельных участков. Она находится в пределах южных отрогов Смоленского-Московской гряды и частично восточной части Полесской низменности. В целом рельеф заказника можно рассматривать как слабоволнистую равнину с общим уклоном на юго-запад, совпадая с направлением течения реки Ипуть. Плоские пространства с характерным монотонным экологическими условиями часто прорезаются речными долинами, что вносит разнообразие в среду обитания животного мира.
В пойме реки Ипуть и низовьях реки Воронусы – рельеф низменный, равнинный с абсолютными высотами 160 (max) и 143 м (min). Пойменные местности низкие, заболоченные, шириной 0,2–1,0 км, в низовье реки Воронусы до 4 километров. Рельеф в междуречье рек Воронусы и Надвы слабо волнистый с абсолютными высотами 203,3 м (max – трегопункт) и 160 м (min). Встречаются невысокие мореные гряды с крутыми склонами и выходами валунов.
Самая возвышенная часть заказника – юго-восточная, образующиеся водотоки направлены на север (бассейн реки Надва), на юг (бассейн реки Воронуса) и на запад (водосбор реки Ипуть). Общий уклон направлен с востока на юго-запад, перепад высот составляет 60 м. Преобладающие высоты заказника – 160-190 м.
Климат района расположения заказника умерено-континентальный, смягченный сравнительной близостью Балтийского моря, с теплым летом и умеренно холодной зимой. Начало и конец вегетационного периода проходит при среднесуточной температуре +10°С. Продолжительность вегетационного периода 184 дня с 17 апреля по 20 октября. Число дней с устойчивым снежным покровом составляет 115-130 дней в году. Замерзание рек происходит в последние дни ноября или в начале декабря. Почти на протяжении всего года преобладают ветры южных румбов.
Среднегодовая температура +5,0°С. Средняя температура самого холодного месяца (январь) –8,4° С, а самого теплого (июль) +18,1° С (Природное районирование и типы сельскохозяйственных земель Брянской области, 1975). Продолжительность теплого времени года (Тср > 0°C) 225-230 суток, вегетационного периода (Тср > 5°C) – 180 суток и менее. Годовое количество осадков – 600-650 мм (Агроклиматический справочник, 1960). Средний из абсолютных годовых минимумов температуры - 31°С (Клетнянский район) и -30°С (Мглинский район), годовая сумма осадков 570 мм(Клетнянский район) и 580 мм (Мглинский район), продолжительность периода с устойчивым снежным покровом 125 дней (Клетнянский и Мглинский районы), средняя из максимальных высот снежного покрова за зиму 35 см для Клетнянского района и 30 см для Мглинского района.
Почвы в заказнике преимущественно дерново-подзолистые (от слабоглееватых до глеевых) супесчаные и суглинистые на моренных и водноледниковых четвертичных отложениях. В поймах рек Ипуть, Надва и Воронуса – аллювиальные луговые с преобладанием глин и суглинков, почвы рек обогащены речными наносами, встречаются участки луговых черноземов. Долины малых рек и ручьев – лугово-болотные подстилаемые суглинками и глинами. Небольшую долю (на западе ООПТ) составляют дерново-карбонатные почвы с близким залеганием мела и мергеля.
С гидрологической точки зрения заказник относится к бассейну р. Ипуть (левый приток реки Сож) и расположен в междуречье рек Надва и Воронуса. Западная граница заказника протяженностью около 35 км проходит по реке Ипуть, северная граница протяженностью около 18 км проходит по рекам Надва и Опороть, южная (около 38 км) – по рекам Воронуса и Ворминка. Падение реки Ипуть в крайних точках заказника составляет около 7 метров.
Ипуть – основная река заказника. Ширина русла 30-40 метров, средняя глубина около двух метров, на ямах до четырёх. Течение на разных отрезках реки среднее или быстрое, на плесах медленное. Вода слабо прозрачная. Дно песчано-илистое и илистое, песчаное и песчано-галечное, местами каменистое. Берега преимущественно низкие, песчаные, в северной части заказника берега обрывистые. Линия берега покрыта лесом или луговая. Многочисленны пойменные озера и низинные черноольховые болота.
Реки Надва и Опороть (левый приток Надвы) расположены на севере заказника. Протяженность реки Надва в пределах заказника около 8 километров. Ширина реки – 10- 25 метров, средние глубины два-три метра. Изредка встречаются ямы до пяти-шести метров. Меандрирование среднее. Мели и песчаные косы, как правило, на внутренней стороне поворотов реки. Изредка встречаются каменисто–галечниковые перекаты. Дно большей частью песчано-илистое, местами глинистое и глинисто-илистое. Берега высокие и твердые. Почти отсутствуют заводи и крупные старицы. При впадении реки Опороть река Надва течет по луговой местности, сильно петляя среди разнотравных лугов и кустарников. Рядом с деревней Каменец река представляет длинный (около 100 метров) каменисто-галечниковый перекат. Ниже переката по левому берегу сосновый бор (около километра) переходящий далее в сосново-дубовый лес, а по правому берегу пойменная дубрава с редко стоящими старыми дубами. Протяженность реки Опороть в пределах заказника около 15 километров. Ширина реки 5-15 метров, средние глубины полтора-два метра, часто встречаются омуты и ямы до четырёх метров глубины. Изредка – более глубокие и длинные (100-200 метров) плесы. Меандрирование значительное. Течение довольно быстрое. Отмели и травянистые перекаты встречаются часто, как у берегов, так и посреди реки. Вода средней прозрачности. Дно песчаное и песчано-илистое, иногда глинисто-илистое. Изредка встречаются не большие камни и галька. Берега чаще приподнятые и твердые, но много низких влажных перемычек между рекой и многочисленными старицами и затонами. На реке очень много лесных завалов. Почти на всем протяжении (около 14 километров по воде) лес по обоим берегам реки, только в около деревни Красный Дворец – обширные разнотравные поляны по правому берегу. Вблизи устья (около двух километров) река протекает среди разнотравных лугов.
Протяженность речки Невижка (левый приток Надвы) около 12 километров. Ширина речки в окрестностях устья три-пять метров, глубина в межень 0,3-0,5 метров, вода прозрачная, дно песчаное, местами песчано-илистое. Берега слабо выражены, часто низкие и влажные, изредка высокие. Лес по обоим берегам, много лесных завалов.
Реки Воронуса и Ворминка (правый приток Воронусы) расположены на юге заказника. Протяженность реки Воронуса в пределах заказника около 30 километров. Ширина реки 15-35 метров, русло сильно меандрированное, со сложной системой многорукавности с многочисленными затонами и заводями. Течение очень медленное, вода мутная. Берега низкие, топкие, преимущественно безлесные, в нижнем течении река и устье представляет собой труднопроходимую заболоченную пойму заросшею кустарниками. В пойме – многочисленные старицы, каналы мелиоративной сети и низинные болота. Протяженность реки Ворминка в пределах заказника около 12 километров. Пойма Ворминки узкая луговая, местами покрыта заболоченными кустарниками. Низовье покрыто сетью мелиоративных каналов.
Растительность в заказнике представлена лесная (80 процентов от площади заказника), луговая и болотная. Лесная растительность: пойменные дубравы, черноольшаники, елово- широколиственные леса, сосняки-зеленомошники, вторичные мелколиственные насаждения и лесные культуры. Древостой пойменных лесов образуют дуб, вяз, ясень, липа, осина, береза пушистая и береза бородавчатая. В дубравах по берегам реки Опороть особенно большое участие принимают вяз и ясень. Возраст древостоев этих лесов часто превышает 100 лет и более. Встречаются дубы диаметром на уровне груди в 100-120 сантиметров и более. В древостое отмечены как усыхающие, так и сухостойные деревья. Из кустарников здесь обычны лещина, рябина, бересклет бородавчатый, волчеягодник обыкновенный. В травостое – сныть, пролестник, копытень, звездчатка ланцетная, осока волосистая и другие.
Неморальные лиственные леса на суглинистых почвах водоразделов и долин малых рек. Они представляют собой производные варианты зональных елово-широколиственных сообществ. Древесный ярус этих сообществ образуют осина, березы (пушистая и бородавчатая), ель, дуб, вяз, ясень и липа. Из кустарников – лещина, рябина, бересклет бородавчатый, волчеягодник обыкновенный. В травостое – сныть, копытень, звездчатка ланцетная, осока волосистая, печеночница благородная и другие.
Заболоченные притеррасные понижения и заболоченные отрезки поймы реки Невижка заняты черноольшаниками с елью. На склонах долины встречаются ельники папоротниковые и елово-широколиственные леса неморального состава.
На песчаных почвах надпойменных террас распространены сосновые и елово-сосновые зеленомошные леса. Среди них отмечены сосняки естественного происхождения, сформированные разновозрастной сосной. В негустом ярусе кустарников преобладает подрост сосны, единично ель и рябина. В травостое – вереск, черника, брусника, марьянник луговой и другие. В густом моховом покрове доминируют зеленые мхи.
