Сохранение природных комплексов — одна из основных задач заповедника. Именно поэтому на территории заповедника «Брянский лес» действует особый режим: здесь запрещена любая хозяйственная деятельность, нельзя охотится, рыбачить, собирать грибы, ягоды и лекарственные травы. Также нельзя находится на территории заповедника без специального разрешения администрации.
Чтобы любой человек, находящийся в лесу, мог заметить границу заповедника, на лесных дорогах и тропах установлены шлагбаумы, предупреждающие аншлаги, граница заповедника обозначена синей краской на деревьях и столбах.
В обязанности сотрудников отдела охраны (госинспекторов по охране территории) входит: борьба с браконьерством, сбор первичной научной информации, учёты животных (зимний маршрутный учёт млекопитающих, учёт тетеревиных птиц и др.), сопровождение научных сотрудников, работа с посетителями — и это далеко неполный перечень обязанностей сотрудников отдела.
Главным государственным инспектором по охране территории является директор заповедника, заместителями главного государственного инспектора являются заместители директора по охране территории, по научной работе, по экологическому просвещению, по туризму и по общим вопросам.
Государственные инспекторы охраняют территорию не только заповедника «Брянский лес», но и структурно подчиненного заповеднику Клетнянского федерального заказника. Государственные инспекторы по охране территории заповедника при исполнении служебных обязанностей имеют право носить и применять в установленном порядке огнестрельное оружие и специальные средства.
За нарушение природоохранного законодательства на особо охраняемых природных территориях предусмотрена административная ответственность в соответствии со ст. 8.39 КоАП РФ, а также уголовная ответственность в соответствии со ст. 256, 258, 260, 261, 262 УК РФ. В случаях нанесения вреда природным комплексам и объектам незаконной добычей животных, уничтожением растений, сбором грибов и ягод нарушитель обязан возместить ущерб в порядке гражданско-правовой ответственности.
Государственные инспекторы по охране территории наделены следующими полномочиями:
Сегодня отдел охраны заповедника «Брянский лес» это: