Ничего не растёт просто так,
Потому не сломай без потребы
Одиноко торчащий сорняк,
Прославляющий землю и небо. Иеромонах Роман
Инвентаризация флоры заказника проводится силами научного отдела заповедника с 2010 года. На сегодняшний день создана база данных по флоре сосудистых растений заказника, которая пополняется по мере поступления материала, а также ведется гербарий заказника.
В результате геоботанических исследований 2010 года и материалов исследований прошлых лет (паспортизация особо охраняемых природных территорий областного значения 2006-2008 годов) на территории Клетнянского заказника выявлено 22 вида сосудистых растений, внесенных в региональную Красную книгу Брянской области (2004). Среди них один вид, внесен в Красную книгу РФ (2009). Выявлено 89 популяций редких видов растений.
Список редких растений заказника «Клетнянский» включает 22 вида:
| Систематическая группа | Число видов |
| БЕСПОЗВОНОЧНЫЕ ЖИВОТНЫЕ | |
| Класс: Настоящие насекомые — Ectognatha | нд |
| Отряд Жесткокрылые — Coleoptera | нд |
| Отряд Перепончатокрылые – Hymenoptera | нд |
| Отряд Чешуекрылые – Lepidoptera | нд |
| Другие группы (отряды) | нд |
| ПОЗВОНОЧНЫЕ ЖИВОТНЫЕ | |
| Класс Миноги — Petromyzontes | 1 |
| Отряд Миногообразные — Petromyzontiformes | 1 |
| Класс Костные рыбы – Osteichthyes | 11 |
| Отряд Осетрообразные – Acipenseriformes | - |
| Отряд Лососеобразные – Salmoniformes | 1 |
| Отряд Угреобразные — Angulliformes | - |
| Отряд Карпообразные — Cypriniformes | 8 |
| Отряд Трескообразные — Gadiformes | - |
| Отряд Окунеобразные — Perciformes | 2 |
| Отряд Скорпенообразные — Scorpaeniformes | - |
| Класс Амфибии – Amphibia | 1 |
| Отряд Хвостатые — Urodela | - |
| Отряд Бесхвостые — Anura | 1 |
| Класс Рептилии — Reptilia | 5 |
| Отряд Черепахи — Testudines | 1 |
| Отряд Чешуйчатые — Squamata | 4 |
| Класс Птицы — Aves | 91 |
| Отряд Гагарообразные — Gaviiformes | - |
| Отряд Поганкообразные — Podicipediformes | - |
| Отряд Веслоногие — Pelecaniformes | - |
| Отряд Аистообразные — Ciconiiformes | 4 |
| Отряд Гусеобразные — Anseriformes | - |
| Отряд Соколообразные — Falconiformes | 9 |
| Отряд Курообразные — Galliformes | 3 |
| Отряд Журавлеобразные — Gruiformes | 2 |
| Отряд Ржанкообразные — Charadriiformes | 7 |
| Отряд Голубеобразные — Columbiformes | 1 |
| Отряд Кукушкообразные — Cuculiformes | 1 |
| Отряд Совообразные — Strigiformes | 1 |
| Отряд Козодоеобразные — Caprimulgiformes | 1 |
| Отряд Стрижеобразные — Apodiformes | 1 |
| Отряд Ракшеобразные — Coraciiformes | 2 |
| Отряд Удодообразные — Upupiformes | 1 |
| Отряд Дятлообразные — Piciformes | 7 |
| Отряд Воробьинообразные — Passeriformes | 50 |
| Класс Млекопитающие – Mammalia | 27 |
| Отряд Насекомоядные — Insectivora | 4 |
| Отряд Рукокрылые — Chiroptera | 5 |
| Отряд Хищные — Carnivora | 11 |
| Отряд Парнокопытные — Artiodactyla | 3 |
| Отряд Грызуны — Rodentia | 3 |
| Отряд Зайцеобразные — Lagomorpha | 1 |
| Всего позвоночных животных | 136 |